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Geschichte: Die Kirche gehörte einst zum Neubrandenburger Franzeskanerkloster, welches um 1260 hier errichtet worden war. Die erste Kirche dieses Klosters war aus behauenen Feldsteinen erbaut worden und hatte durch zwei Brände schon vor 1355 großen Schaden erlitten. Die Erbauung der heutigen zweischiffigen Hallenkirche begann im 14. Jahrhundert. In der Nordwand befinden sich noch Teile des Vorgängerbaus aus Feldsteinen. Um 1455 wurde ein hochgotischer Langchor mit drei Gewölbejochen und polygonalem Abschluss angesetzt.
Nach der Reformation in Mecklenburg wurde die Kirche ab 1535 evangelisches Gotteshaus.
1614 erlitt der Ostteil der Kirche bei einem Stadtbrand schwere Schäden. Da das Geld für den kompletten Wiederaufbau nicht ausreichte, wurde der Ostteil durch eine Mauer abgetrennt und ab 1803 als städtischer Kornspeicher genutzt.
Seit dem 18. Jahrhundert sollte die Johanniskirche als Ratskirche fungieren und deshalb aufgewertet werden. Aus diesem Grund brachten die Handwerkszünfte ihre prächtigen Zunftleuchter aus St. Marien nach St. Johannis.
1863 wurde die heutige Stargarder Straße in Bahnhofsrichtung verlängert. Dazu wurde die Stadtmauer nördlich des Klosters durchbrochen und leider auch ein Teil des Langchores abgerissen. 1887 stürzte die Zwischenwand zum Speicher ein. Von 1891 bis 1894 erfolgte dann eine Restaurierung, bei der der östliche Teil erneut verkürzt wurde. Statt des einst massiven Dachreiters auf dem Ostgiebel des Kirchenschiffs erhielt die Kirche nun einen hölzerner Reiter in der Dachmitte. Vorbild für diese Umgestaltung der Kirche war das Kloster Chorin.
Nach dem großen Stadtbrand 1945 - die Stadt lag in Trümmern und auch die Marienkirche hatte erheblichen Schaden erlitten - wurde die Johanniskirche die Hauptkirche Neubrandenburgs, denn sie war samt ehemaliger Klosteranlage bei diesem verheerenden Großbrand wie durch ein Wunder erhalten geblieben. Von 1976 bis 1980 wurden umfangreiche Sanierungsarbeiten geleistet.
Innenraum: Das nördliche Seitenschiff ist schmaler als das Hauptschiff. Beide Kirchenschiffe haben ein Kreuzrippengewölbe dessen Zwickel mit gemalten Pflanzenmotiven geschmückt sind. Der optische Eindruck des rechteckigen Chorraumes ist durch große Buntglasfenster sowie Wand- und Deckenmalereien geprägt.
Ausstattung: Der barocke Choraltar enthält mehrere Gemälde mit Christus-Szenen (z. B. letztes Abendmahl, Kreuzigung, Auferstehung).
Deutlich älter, aus der Zeit um 1500 und aus der St. Georgskapelle stammend, ist der Flügelaltar mit gotischem Schnitzwerk im Seitenschiff. In seiner Mitte ist die Kreuzigung dargestellt. Die Kanzel aus dem 16. Jahrhundert prägen Alabasterreliefs. An der Südwand hängt ein Bildnis Martin Luthers mit einem Schwan.
Die 1969 entfernte Orgel war 1894 von Wilhelm Sauer erbaut. Seit 1990 besitzt die Kirche eine Schuke-Orgel mit 31 Registern.
Gemeinde: Die evangelisch-lutherische Kirchengemeinde St. Johannis ist heute mit rund 3300 Mitgliedern die größte Gemeinde in Mecklenburg. Weitere Informationen: Website der Kirchenregion Neubrandenburg.

Inhaltliche Quellen:
St. Johannis (Wikipedia),
Buch "Kunstland DDR", J. Adamiak, R. Pillep, Seemannverlag Leipzig 1979

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